《本草纲目》版本颇多，除国外各种全译或节译本外，国内现存约七十二种，大致可分为“一祖三系”，即祖本(金陵本、摄元堂本)及江西本、钱本、张本三个系统。江西本系统，主要为明万历三十一年(1603)夏良心、张鼎思刻本等；钱本系统，主要为明崇祯十三年(1640)钱蔚起杭州六有堂刻本，并改绘药图，以及清顺治十二年(1655)吴毓昌太和堂本，乾隆间《四库全书》本即据此本抄录；张本系统，主要为清光绪十一年(1885)张绍棠南京味古斋刻本，文字参校江西本、钱本，药图改绘后增加十余幅，并附《本草纲目拾遗》。